超凈工作臺普遍適用于醫藥衛生、生物制藥、食品、醫學科學實驗、光學、電子、無菌室實驗、無菌微生物檢驗、植物組培接種等需求部分干凈無菌工作環境的科研和消費部門，其原理在于在特定的空間內，室內空氣經預過濾器初濾，由小型離心風機壓入靜壓箱，再經空氣高效過濾器二級過濾，從空氣高效過濾器出風面吹出的干凈氣流具有一定的和平均的斷面風速，能夠掃除工作區原來的空氣，將塵埃顆粒和生物顆粒帶走，以構成無菌的高干凈的工作環境。

有人在運用超凈工作臺的過程中，由于操作上的不標準，會招致超凈工作臺遭到污染，因而定期對超凈工作臺停止清潔工作是很有必要的，要做到：取樣完畢后，先用毛刷刷往干凈工作區的雜物和浮塵。用細軟布擦拭工作臺外表污跡、污垢目測無清潔劑殘留，用清潔布擦干。定期用紗布沾上酒精將紫外線殺菌燈外表擦潔凈，堅持外表清潔，否則會影響殺菌才能。每次運用終了，立刻清潔儀器，懸掛標識，并填寫儀器運用記載。

除此之外，關于運用環境的選擇，超凈工作臺也是有一定請求的，要做到：應安放于衛生條件較好的中央，便于清潔，門窗可以密封以防止外界的污染空氣對室內的影響。嚴禁安放在產生大塵粒及氣流大的中央，以保證支配區空氣的正?；顒?。安放位置應闊別有震動及噪音大的中央。